「統合校舎の概算事業費は出た。では、その財源をどう組み立てるのか」——学校統廃合の検討が計画段階から事業化段階へ進むと、庁内の論点は費用の総額から財源スキームへと移ります。国庫補助・交付金でいくら見込めるか、残りを何の地方債で起こすか、その元利償還にどれだけ交付税措置が付くのか。ここが定まらないと、実施計画にも財政計画にも数字を落とせません。
この記事では、学校統廃合の財源のうち地方債（起債）と地方交付税措置に絞って整理します。具体的には、①財源スキームの三層構造、②学校統廃合で使う主な地方債の充当率と交付税措置、③学校教育施設等整備事業債と公共施設等適正管理推進事業債の使い分け、④除却（解体）で交付税措置の有無が分かれる理由、⑤実質的な自治体負担の試算手順までを、総務省・文部科学省の一次情報に基づいてまとめます。学校・教育施設の改修から統廃合に伴う調査・計画・設計・施工まで一貫して手掛けてきた当社（全国対応）の現場知見も交えてお伝えします。
なお、財源スキームを詰めるには「どの工事を、いつ、どれくらいの規模で行うか」という事業計画側の精度が前提になります。整備ボリュームの見立てから固めたい段階でしたら、統合校舎の整備ボリュームと概算工事費について光建舎に無料で相談するところから着手いただけます。
※本記事の制度に関する記載は2026年7月時点の一次情報に基づきます。費目ごとの費用内訳は「学校統廃合の費用はいくら？内訳・目安の考え方と財源」、補助制度の全体像は「学校統廃合の補助金・交付金まとめ」をあわせてご覧ください。
目次
学校統廃合の財源スキームとは——「補助・地方債・一般財源」の三層で組む
学校統廃合の財源スキームとは、統合校の整備や旧校舎の除却に要する事業費を、国庫補助・交付金（国費）／地方債（起債）／一般財源・基金の三層に配分して組み立てる資金計画のことです。結論から言えば、実務上の勝負どころは「国費でいくら取れるか」よりも、残りの地方負担分にどの起債を充て、その元利償還にどれだけ交付税措置が付くかにあります。
前提として、学校施設の整備は地方債を財源にできる経費です。地方財政法第5条第5号は、学校その他の文教施設をはじめとする公共施設・公用施設の建設事業費について、地方債をもって財源とすることができると定めています。さらに同法第5条の2により、建設事業費に係る地方債の償還年限は、その施設の耐用年数を超えないようにしなければなりません（出典：e-Gov法令検索「地方財政法」）。長寿命化を前提とした整備手法の選択が、償還計画にも影響するということです。
起債にあたっては、地方財政法第5条の3により総務大臣または都道府県知事への協議（一定の要件を満たす団体は届出）が必要で、実質赤字額や実質公債費比率が政令で定める数値以上である団体などは、同法第5条の4により許可を受けなければなりません（出典：e-Gov法令検索「地方財政法」）。つまり地方債は「自由に発行できる財源」ではなく、財政指標と一体で管理される財源です。
そして三層のうち最も見落とされやすいのが、交付税措置の有無です。同じ充当率90％の起債でも、元利償還金の50％が普通交付税の基準財政需要額に算入されるものと、算入がまったくないものがあります。後述するとおり、学校統廃合ではこの差が旧校舎の解体費でとりわけ大きく効いてきます。
学校統廃合で使う主な地方債の一覧【2026年7月時点】
学校統廃合で登場する地方債は、大きく分けて4系統です。結論として、統合校舎の整備は「学校教育施設等整備事業債」か「公共施設等適正管理推進事業債」、旧校舎の除却は「公共施設等適正管理推進事業債」、過疎・辺地の地域要件を満たすなら「過疎対策事業債」「辺地対策事業債」という整理になります。充当率は令和8年度地方債充当率（令和8年総務省告示第161号）に基づきます。
| 地方債 | 主な対象（学校関連） | 充当率 | 元利償還金への交付税措置 |
|---|---|---|---|
| 学校教育施設等整備事業債（建物・国庫負担事業分） | 統合に伴う校舎・屋内運動場の新築・増築など、国庫負担金対象事業の地方負担分 | 90％ | 事業区分により異なる |
| 学校教育施設等整備事業債（学校施設環境改善交付金事業その他の国庫補助金を受けて実施する事業） | 改築・長寿命化改良・統合改修などの交付金事業の地方負担分 | 75％（公立の義務教育諸学校に係る危険改築事業、不適格改築事業等は90％） | 事業区分により異なる |
| 学校教育施設等整備事業債（建物・単独事業分） | 交付金対象外の単独整備・単独大規模改造 | 75％ | 事業区分により異なる |
| 公共施設等適正管理推進事業債（集約化・複合化事業） | 統合校の整備、統合等に伴う旧校舎の除却 | 90％ | 50％ |
| 公共施設等適正管理推進事業債（長寿命化・転用・ユニバーサルデザイン化等） | 既存校舎の長寿命化改修、廃校の他用途転用、バリアフリー改修 | 90％ | 財政力に応じて30〜50％ |
| 公共施設等適正管理推進事業債（除却事業） | 公共施設等の除却（解体） | 90％ | なし |
| 過疎対策事業債 | 過疎地域の市町村計画に基づく事業 | 100％ | 元利償還金の70％を基準財政需要額に算入 |
| 辺地対策事業債 | 辺地の総合整備計画に基づく公共的施設（通学用自動車・渡船施設・寄宿舎等） | 100％ | 元利償還金を基準財政需要額に算入（辺地法第6条） |
（出典：総務省「令和8年度地方債充当率（令和8年総務省告示第161号）」、総務省「公共施設等適正管理推進事業について」、総務省「過疎対策の概要について」、e-Gov法令検索「辺地に係る公共的施設の総合整備のための財政上の特別措置等に関する法律」）
表で押さえておきたい点が3つあります。第一に、充当率と交付税措置率は別物です。充当率は「事業費のうち何％まで起債できるか」、交付税措置率は「その元利償還金の何％が基準財政需要額に算入されるか」を指します。第二に、同じ事業に複数の起債が候補になること。統合校の整備は学校教育施設等整備事業債でも公共施設等適正管理推進事業債でも組み得るため、要件と措置率の比較が必要です。第三に、辺地対策事業債の対象として法律に列挙されている学校関連施設は、校舎そのものではなく通学を容易にするための自動車・渡船施設・寄宿舎であること（同法第2条第2項第3号、ほかに政令で定める施設）。スクールバスの財源検討で押さえておきたい論点です。
学校教育施設等整備事業債——国費の「裏」を埋める基本の起債
学校教育施設等整備事業債は、公立学校の施設整備に用いる最も基本的な地方債で、国庫負担金・交付金を受けて実施する事業の地方負担分（いわゆる補助裏）に充てることを主な役割としています。結論として、統合校舎の新増築のように国庫負担金の対象になる事業では充当率90％が適用され、交付金事業では原則75％となります。
まず国費側を確認します。公立の小学校・中学校・義務教育学校を適正な規模にするため統合しようとすることに伴って必要となり、または統合したことに伴って必要となった校舎・屋内運動場の新築・増築に要する経費については、義務教育諸学校等の施設費の国庫負担等に関する法律第3条第1項第4号により、国の負担割合は2分の1と定められています（出典：e-Gov法令検索）。既存施設を使う場合は学校施設環境改善交付金の「統合改修」（学校統合に伴って実施する既存施設の改修）が算定割合2分の1、改築や長寿命化改良は原則3分の1（学校以外の公共施設との複合化・集約化を行う場合は2分の1）とされています（出典：文部科学省「国庫補助事業について」）。
起債の実務で重要なのが、起債対象事業費の算定方法です。令和8年度地方債同意等基準運用要綱では、学校施設環境改善交付金を受けて実施する事業の起債対象事業費は、当該交付金の対象事業費から、「当該事業費に交付金要綱に定める交付率を乗じて得た額」または「当該事業に充当した交付金の額」のいずれか多い額を控除した額とされています（出典：総務省「令和8年度地方債同意等基準運用要綱」令和8年4月1日 総財地第148号ほか）。交付金は配分基礎額と事業費のいずれか少ない方を基礎に算定されるため、実際の交付額が事業費の3分の1に届かない場合でも、起債対象事業費の計算では「交付率を乗じた額」が控除される可能性がある、という点に注意が必要です。
また、単独事業として行う義務教育施設（校舎・屋内運動場）の大規模改造事業については、1校ごとの対象事業費が400万円以上のものが対象とされています（同要綱）。小規模な修繕を積み上げても起債対象にならない場合があるため、工事の括り方は財源に直結します。
なお、学校教育施設等整備事業債の元利償還金に対する交付税措置は事業区分によって扱いが異なります。総務省「公共施設等適正管理推進事業について」の注記では、公共施設等適正管理推進事業債の長寿命化事業等の交付税措置率（財政力に応じて30〜50％）について、義務教育施設の大規模改造事業に係るものは、学校教育施設等整備事業債における義務教育施設の大規模改造事業（地方単独事業）に係る値を下回らないよう設定する、と説明されています。具体的な措置率は年度・事業区分で異なるため、必ず当該年度の通知と交付税算定資料でご確認ください。
公共施設等適正管理推進事業債——統廃合そのものに効く「交付税措置つき」の起債
公共施設等適正管理推進事業債（いわゆる公適債）は、施設の更新・統廃合・長寿命化に長期的視点で取り組めるようにするための地方債で、学校統廃合とは相性の良い制度です。結論として、充当率は一律90％、交付税措置率は事業区分ごとに50％／30〜50％／なしの三段階に分かれます。
| 対象事業 | 充当率 | 交付税措置率 |
|---|---|---|
| ①集約化・複合化事業（(1)集約化・複合化施設整備事業／(2)集約化・複合化等に伴う除却事業） | 90％ | 50％ |
| ②長寿命化事業（公共用の建築物／社会基盤施設） | 90％ | 財政力に応じて30〜50％ |
| ③転用事業 | 90％ | 財政力に応じて30〜50％ |
| ④立地適正化事業 | 90％ | 財政力に応じて30〜50％ |
| ⑤ユニバーサルデザイン化事業 | 90％ | 財政力に応じて30〜50％ |
| ⑥除却事業 | 90％ | なし |
（出典：総務省「公共施設等適正管理推進事業について」／総務省「公共施設等の適正管理について」）
活用の前提条件も明確です。対象事業は公共施設等総合管理計画等に位置づけられていることが必要で、集約化・複合化事業では個別施設計画への位置づけと、建築物にあっては全体として延床面積が減少することが求められます。また、統合前施設の廃止は、統合後施設の供用開始から5年以内（立地適正化計画に基づき集約化・複合化を行う場合は10年以内）に行われることが要件です。公用施設（庁舎等）、公営住宅その他の公的賃貸住宅、公営企業施設、インフラ施設等を整備する事業は対象外とされていますが、学校は対象施設に含まれます。国庫補助事業として実施される事業も対象事業に含まれ、複数の地方公共団体が連携協約等に基づいて実施する集約化・複合化も対象になります（出典：総務省「令和8年度地方債同意等基準運用要綱」）。
もう一点、事業期間が重要です。公共施設等適正管理推進事業債の事業期間は令和4年度から令和8年度までとされています。総務省の令和8年1月23日付事務連絡では、令和8年度の公共施設等適正管理推進事業費として5,000億円（前年度同額）を計上したうえで、事業期間終了後の在り方は今後検討する予定としつつ、令和8年度までに建設工事に着手した事業については令和9年度以降も現行と同様の地方財政措置を講ずる旨が示されています（出典：総務省「令和8年度の地方財政の見通し・予算編成上の留意事項等について」）。事業期間の区切りは、統廃合スケジュールの組み方に直結する情報です。
なお令和8年度地方財政対策では、老朽化が進んでいる公営住宅等の適正管理を推進するため、集約化・複合化等に伴う除却事業の対象に公営住宅等が追加されました（出典：総務省「令和8年度地方財政対策の概要」）。学校単体ではなく、公営住宅を含む地区全体の再編を視野に入れる自治体にとっては検討材料が増えたことになります。
統合の対象校がこの要件に乗るのか、延床面積は本当に減るのか——ここは図面と実測に基づく検証が要る領域です。統合計画の施設面から見た要件適合性について光建舎に相談することで、建物側の裏づけを早い段階で確認いただけます。
除却（解体）の分かれ道——同じ解体でも交付税措置の有無が変わる
学校統廃合の財源設計で最も誤解が多いのが、旧校舎の解体（除却）です。結論を先に言えば、公共施設等適正管理推進事業債の「⑥除却事業」には交付税措置がありません。充当率90％で起債はできますが、元利償還金は基準財政需要額に算入されないため、最終的には全額が自治体の負担になります。
一方で、同じ解体工事でも「①(2) 集約化・複合化等に伴う除却事業」に該当すれば、交付税措置率は50％です。統合に伴って複数校を1校に集約する場合や、施設整備を伴わずに機能統合・機能廃止を行う場合の除却が、この区分に整理されます。要件は次のとおりです。
- 公共施設等総合管理計画および個別施設計画に基づいて実施するものであること
- 施設整備を伴う集約化・複合化の場合は、統合後の施設の供用開始から5年以内に実施するものであること
- 施設整備を伴わない機能統合・機能廃止の場合は、除却予定の施設の供用廃止から5年以内に実施するものであること
- 集約化・複合化を行う前と比較して、施設の延床面積（非建築物の場合は維持管理費等）が減少すること（施設整備を伴う場合）
- 国庫補助や他の事業債を活用した集約化・複合化事業に伴って実施する除却事業も対象となること
また、交付税措置は対象事業費から除却施設に係る土地価格相当分を控除した額を対象とすること、経過措置として令和6年度以前に集約化・複合化等した施設については5年を超えて経過したものも対象とすることが示されています（出典：総務省「公共施設等の適正管理について」／「令和8年度地方債同意等基準運用要綱」）。
実務的な含意ははっきりしています。統合の完了から時間を空けて旧校舎を解体すると、5年要件を外れて交付税措置のない⑥除却事業になり得るということです。「跡地活用の方針が決まらないので解体は先送り」という判断は、地域合意の観点では理解できても、財源の観点では実質負担を押し上げる方向に働きます。解体時期は、跡地活用の検討スケジュールと一体で決めるべき論点です。解体費そのものの考え方は「廃校の解体費用はいくら？相場の考え方と費用を左右する要因」で扱っています。
なお、地方財政法附則第33条の5の8は、公共施設等の除却について、総務省令で定める事項を定めた公共施設等の総合的かつ計画的な管理に関する計画に基づいて行われるものに要する経費の財源に充てるため、同法第5条の規定にかかわらず地方債を起こすことができると定めています（出典：e-Gov法令検索「地方財政法」）。解体は本来「建設事業費」ではないため、この特例があってはじめて起債の対象になる、という構造も押さえておくと庁内説明がしやすくなります。
実質的な自治体負担を試算する手順
財源スキームの良し悪しは、補助率の高さではなく交付税措置を織り込んだ後の実質負担で比べます。以下の手順で整理すると、複数案の比較が同じ土俵に乗ります。
- 事業費を費目に分解する：新築（新増築）、既存校舎の改修、仮設校舎、除却、外構、備品、設計監理などに分けます。財源制度は費目ごとに異なるため、ここが粗いと以降がすべて崩れます。
- 費目ごとに国費を当てはめる：統合に伴う新増築は国庫負担金（原則2分の1）、統合に伴う既存施設の改修は学校施設環境改善交付金の統合改修（算定割合2分の1）など、制度の対象区分を確認します。交付金は配分基礎額による上限があるため、事業費に率を掛けた金額をそのまま見込まないことが肝心です。
- 地方負担分を算出する：事業費から国費を差し引きます。交付金事業では、起債対象事業費の算定ルール（交付率を乗じた額または充当交付金額のいずれか多い額を控除）に従います。
- 充当する起債を選び、起債可能額を出す：地方負担分に充当率を乗じます。複数の起債が候補になる場合は、それぞれで計算して並べます。
- 交付税措置額を見込む：起債額の元利償還金に措置率を乗じます。除却事業のように措置がない区分は、ここでゼロと明記します。
- 実質負担額を比較する：「事業費 － 国費 － 交付税措置見込額」を案ごとに並べ、あわせて実質公債費比率・将来負担比率への影響も確認します。
最後の指標確認は省略しないでください。健全化判断比率の早期健全化基準は、実質公債費比率が市町村・都道府県とも25％、将来負担比率が市町村350％・都道府県および政令市400％とされ、実質公債費比率の財政再生基準は35％とされています（出典：総務省「早期健全化基準と財政再生基準」）。単年度で有利な起債でも、償還年限と重なり方によっては指標を押し上げます。
財源スキームを固める実務の流れ
財源の検討は、計画の後ろに置くほど選択肢が狭まります。次の順序で前倒しに進めるのが実務的です。
- 計画への位置づけを確認する：公共施設等総合管理計画・個別施設計画・学校施設長寿命化計画に、対象校の方針が書かれているかを点検します。公共施設等適正管理推進事業債は計画への位置づけが要件です。
- 建物の状態と改修ボリュームを把握する：劣化状況・耐震性能・法適合を調べ、新築／長寿命化／既存活用のどれが成立するかを絞ります。ここが曖昧だと制度の当てはめができません。
- 整備手法の候補を2〜3案に絞る：延床面積の増減、供用開始時期、除却時期をセットで置いた案を作ります。
- 案ごとに財源スキームを組む：前章の手順で国費・起債・一般財源を配分し、実質負担と財政指標への影響を比較します。
- 県の市町村担当課・財政担当課と早期に相談する：起債の同意等は年度単位の手続きです。制度の該当性は事前に確認しておくのが安全です。
- スケジュールに期限を重ねる：公共施設等適正管理推進事業債の事業期間や、交付金メニューの適用期限を工程表に落とし込みます。
- 設計・積算の精度を上げる：起債協議には根拠のある事業費が要ります。基本設計段階での精度確保が、後工程の手戻りを減らします。
この流れで繰り返し出てくるのが、「建物側の情報がないと制度の当てはめが決まらない」という制約です。統廃合の全体工程は「学校統廃合のスケジュール」、計画づくりの進め方は「学校統廃合の基本計画の策定・委託」で詳しく扱っています。
よくある質問
Q1. 統合校舎の新築に、学校教育施設等整備事業債と公共施設等適正管理推進事業債のどちらを使うべきですか。
事業の性質と要件の充足状況で決まります。統合に伴う新増築で国庫負担金の対象になる部分は学校教育施設等整備事業債（建物・国庫負担事業分／充当率90％）が基本です。一方、公共施設等適正管理推進事業債の集約化・複合化施設整備事業は、個別施設計画への位置づけと延床面積の減少などの要件を満たす場合に充当率90％・交付税措置率50％が適用されます。国庫補助事業として実施される事業も対象事業に含まれるとされているため、どちらか一方に決め打ちせず、要件を確認したうえで比較することをおすすめします。
Q2. 旧校舎の解体費に交付税措置は付きますか。
区分によって分かれます。公共施設等適正管理推進事業債の「⑥除却事業」は充当率90％ですが交付税措置はありません。これに対し、統合に伴う「①(2) 集約化・複合化等に伴う除却事業」に該当すれば交付税措置率50％です。統合後施設の供用開始から5年以内（機能統合・機能廃止の場合は供用廃止から5年以内）という期間要件があるため、解体時期の設定が実質負担を左右します。
Q3. 「充当率90％」なら事業費の90％を起債できるという理解でよいですか。
いいえ。充当率は起債対象事業費に対する割合です。国庫負担金・交付金を受ける事業では、事業費から国費相当分を控除した地方負担分が起債対象事業費になります。さらに学校施設環境改善交付金事業では、交付率を乗じた額または実際に充当した交付金額のいずれか多い額を控除する扱いです。事業費全体に90％を掛けると過大な見込みになります。
Q4. 過疎地域や辺地であれば、有利な起債を使えますか。
地域要件を満たせば選択肢が広がります。過疎対策事業債は充当率100％で、元利償還金の70％が普通交付税の基準財政需要額に算入されます。辺地対策事業債も充当率100％ですが、法律に列挙されている学校関連の公共的施設は、校舎そのものではなく通学を容易にするための自動車・渡船施設・寄宿舎です。統合後の通学手段の財源として検討する場面が中心になります。通学対策の考え方は「統合校のスクールバス・通学支援」で扱っています。
Q5. 公共施設等適正管理推進事業債の事業期間が令和8年度までとなっていますが、間に合わない場合はどうなりますか。
総務省の令和8年1月23日付事務連絡では、事業期間終了後の在り方は地方公共団体の取組や地域の実情等を踏まえて検討する予定としつつ、令和8年度までに建設工事に着手した事業については令和9年度以降も現行と同様の地方財政措置を講ずることとされています。着手時期が判断の分かれ目になるため、設計・入札のスケジュールを財源側から逆算しておくことが重要です。最新の取扱いは必ず当該年度の通知でご確認ください。
まとめ——「補助率」ではなく「交付税措置後の実質負担」で比べる
学校統廃合の財源は、国庫補助・交付金だけを見ていると判断を誤ります。要点を整理します。
- 財源スキームは「国費／地方債／一般財源・基金」の三層。勝負どころは地方負担分に充てる起債と交付税措置
- 統合に伴う校舎・屋内運動場の新増築は国の負担割合2分の1、統合に伴う既存施設の改修は交付金の統合改修が算定割合2分の1
- 学校教育施設等整備事業債は国庫負担事業分が充当率90％、交付金事業その他の国庫補助金を受けて実施する事業は原則75％
- 公共施設等適正管理推進事業債は充当率一律90％。集約化・複合化は交付税措置率50％、長寿命化・転用等は財政力に応じて30〜50％、除却事業は措置なし
- 旧校舎の解体は「集約化・複合化等に伴う除却」に該当するかで実質負担が大きく変わる。5年要件があるため解体時期の設定が要
- 公共施設等適正管理推進事業債の事業期間は令和8年度まで。令和8年度までに建設工事に着手した事業は令和9年度以降も現行と同様の措置
- 比較は「事業費 － 国費 － 交付税措置見込額」で行い、実質公債費比率・将来負担比率への影響もあわせて確認する
光建舎は、内装仕上げ・改修を軸に、企画から設計・施工・アフターまで一貫対応する建設会社です（運営：株式会社ウイングスペース／一級建築士事務所）。学校・教育施設の改修に特化した実績を持ち、全国に対応しています。調査・設計・施工をワンストップで手掛けるため、財源スキームの前提となる「どの工事を、どの規模で、いつ行うか」の見立てから、実際の改修・整備工事までを続けて支援できます。補助金・交付金の活用を見据えた計画づくりの支援も行っています。
「制度の当てはめを詰めたいが、建物側の前提が固まっていない」——そうした段階でも構いません。学校統廃合の整備計画と概算工事費について光建舎に無料で相談することで、財源検討に必要な工事側の裏づけを早い段階でご確認いただけます。
※本記事の制度に関する記載は2026年7月時点の一次情報に基づきます。充当率・交付税措置率・事業期間は年度ごとに見直されるため、個別の該当性と最新の取扱いは、総務省自治財政局および都道府県の市町村担当課・財政担当課、文部科学省の所管課にご確認ください。
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